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mCSEA
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DOI:10.18129 / B9.bioc.mCSEA
甲基化CpGs集富集分析
Bioconductor版本:Release (3.15)
使用Illumina的450K或EPIC微阵列数据从人类基因组中识别预定义区域(启动子，CpG岛…)中的差异甲基化区域(DMRs)。提供基于线性模型对CpG探针进行排序的方法，并包括绘图函数。
作者:Jordi Martorell-Marugán和Pedro Carmona-Sáez
维护者:Jordi Martorell-Marugán
引文(从R内，输入引用(“mCSEA”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("mCSEA")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“mCSEA”)
| R脚本 | 预定义的DMRs识别与mCSEA包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
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| 版本 | 1.16.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(4年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (>= 3.5)，mCSEAdata，Homo.sapiens |
| 进口 | biomaRt，fgsea，GenomicFeatures，GenomicRanges，ggplot2，图形，grDevices，Gviz，IRanges，limma，方法，并行，S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | Biobase，BiocGenerics，BiocStyle，FlowSorted.Blood.450k，knitr，leukemiasEset，minfi，minfiData，rmarkdown，RUnit |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | shinyepico |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | mCSEA_1.16.0.tar.gz |
| Windows二进制 | mCSEA_1.16.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | mCSEA_1.16.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mCSEA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mCSEA |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/mCSEA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
