immunotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.immunotation

工具使用不同的免疫基因

Bioconductor版本:版本(3.17)

MHC(主要组织相容性复合体)细胞表面分子复合物呈现抗原T细胞。抗原的曲目,在一个给定的遗传背景很大程度上取决于序列的编码MHC分子,因此,在人类高度可变HLA(人类白细胞抗原)hyperpolymorphic HLA位点的基因。已报告28000多不同HLA等位基因,与全球人类之间显著的等位基因频率的差异。可再生的和一致的注释HLA等位基因在大规模生物信息学工作流仍然是具有挑战性的,因为可用的参考数据库和软件工具经常使用不同的HLA命名方案。包immunotation提供了一致的HLA基因注释工具等典型immunoinformatics工作流例如MHC-presented肽的预测不同的人类的捐助者。转换器的功能提供映射不同HLA命名方案是基于MHC限制性本体(MRO)。包还提供了自动进入全球人类HLA等位基因频率参考人口净数据库存储在等位基因频率。

作者:凯瑟琳Imkeller (cre, aut)

维护人员:凯瑟琳Imkeller < k。在dkfz.de imkeller >

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“immunotation”)

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	stringr ontologyIndex,卷发,ggplot2 readr,房车,tidyr, xml2,地图,rlang
链接
建议	BiocGenericsrmarkdown,BiocStyle,testthat knitr DT
SystemRequirements
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URL
BugReports	https://github.com/imkeller/immunotation/issues
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包档案

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源包	immunotation_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	immunotation_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	immunotation_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	immunotation_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/immunotation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ immunotation
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/immunotation/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/immunotation/
包下载报告	下载数据