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igvR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.igvR
igvR:整合基因组viewer
Bioconductor版本:发行版(3.13)
访问igv.js，在web浏览器中运行的整合基因组学查看器。
作者:保罗·香农
维护者:Paul Shannon < Paul .thurmond。香农在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“igvR”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("igvR")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“igvR”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 选择一个股票或自定义基因组 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 从bam文件中探索ChIP-seq比对，MACS2窄峰，守恒，H3K4me3甲基化和motif匹配 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 探索阿尔茨海默病MEF2C基因周围的VCF变异、GWAS snp、启动子和组蛋白标记 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 简介:一个简单的演示 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(3年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，GenomicAlignments，BrowserViz(> = 2.9.1) |
| 进口 | 方法,BiocGenerics，httpuv跑龙套,MotifDb，seqLogo，rtracklayer，VariantAnnotation，RColorBrewer |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://paul-shannon.github.io/igvR/ |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | igvR_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | igvR_1.12.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | igvR_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/igvR |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/igvR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/igvR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
