IDR2D
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doi：10.18129/b9.bioc.idr2d
基因组相互作用数据的不可重复可再现的发现率
生物导体版本：版本（3.13）
一种测量产生二维峰（峰之间相互作用）（例如Chia-pet，Hichip和HIC之间的相互作用）之间可重复性的工具。IDR2D是原始IDR软件包的扩展名，该软件包的目的是（一维）芯片seq峰。
作者：Konstantin Krismer [AUT，CRE，CPH]
，大卫·吉福德[THS，CPH]
维护者：MIT.edu的Konstantin Krismer
引用（从r内，输入引用（“ IDR2D”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ idr2d”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ idr2d”）
| html | R脚本 | 从重复的CHIA-PET实验中识别可重复的基因组相互作用 |
| html | R脚本 | 从重复的芯片seq实验中确定可重复的基因组峰 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.10（R-3.6）（1。5年） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | R（> = 3.6） |
| 进口 | dplyr（> = 0.7.6），徒劳（> = 1.4.3），GenomeInfodB（> = 1.14.0），基因组机（> = 1.30），GGPLOT2（> = 3.1.1），grdevices，IDR（> = 1.2），iranges（> = 2.18.0），马格里特（> = 1.5），方法，网状（> = 1.13），秤（> = 1.0.0），统计，Stringr（> = 1.3.1），UTILS |
| 链接 | |
| 建议 | DT（> = 0.4），htmltools（> = 0.3.6），尼特（> = 1.20），rmarkDown（> = 1.10），roxygen2（> = 6.1.0），测试（> = 2.1.0） |
| 系统要求 | python（> = 3.5.0），hic-straw |
| 增强 | |
| URL | https://idr2d.mit.edu |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | idr2d_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | IDR2D_1.6.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | idr2d_1.6.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/idr2d |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/idr2d |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/idr2d/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
