蜂鸟

doi：10.18129/b9.bioc.hummingbird

贝叶斯隐藏的马尔可夫模型，用于检测差异甲基化区域

生物导体版本：版本（3.13）

用于检测差分甲基化的包装。它利用了一个贝叶斯隐藏的马尔可夫模型，该模型在基因组基因座之间融合了位置依赖性，这与大多数现有的方法之间的观测之间的独立性不同。应用贝叶斯先生允许在整个染色体上进行信息共享，以提高检测能力。软件包的直接输出是甲基化状态的最佳序列，消除了主观的使用，并且在大多数情况下，P值是确定显着性的任意阈值。最后，我们的方法论不需要在两个比较组中的任何一个或两个中复制。

作者：Eleni Adam [AUT，CRE]，Tieming Ji [aut]，Desh Ranjan [aut]

维护者：odu.edu>的Eleni Adam

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ hummingbird”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

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html	R脚本	蜂鸟
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细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL（> = 2）
要看	R（> = 4.0）
进口	RCPP，图形，基因组机，，，，总结性特征，，，，iranges
链接	RCPP
建议	尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	hummingbird_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	hummingbird_1.2.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	hummingbird_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hummingbird
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/蜂鸟
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/hummingbird/
软件包下载报告	下载统计