爱马仕

DOI:10.18129 / B9.bioc.hermes

RNA-seq数据的预处理、分析和报告

Bioconductor版本:发行版(3.16)

提供类和函数,用于预处理RNA-seq数据的质量控制、过滤、归一化和差分表达式分析。数据可以从“summarizeexperiment”和“matrix”对象中导入,也可以从BioMart中进行注释。支持对没有过低表达或包含所需注释的基因进行过滤,也支持对与其他样本有足够相关性或总reads数的样本进行过滤。可以使用“cpm”、“rpkm”、“tpm”等标准归一化方法,还可以使用“DESeq2”和“voom”差分表达式分析。

作者:Daniel Sabanés Bové [aut, cre], Namrata Bhatia [aut], Stefanie Bienert [aut], Benoit Falquet [aut],李浩成[aut], Jeff Luong [aut], Lyndsee Midori Zhang [aut], Simona Rossomanno [aut], Tim Treis [aut], Mark Yan [aut], Naomi Chang [aut],廖晨迪[aut], Carolyn Zhang [aut], Joseph N. Paulson [aut]

维护人员:Daniel Sabanés Bové < Daniel。Sabanes_bove在roche.com>

引文(从R内,输入引用(“爱马仕”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“爱马仕”)

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细节

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版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证 Apache License 2.0 |文件许可证
取决于 ggfortify, r (>= 4.1),SummarizedExperiment(> = 1.16)
进口 为了biomaRtBiobaseBiocGenerics使彻底失败(> = 2.1),circlizeComplexHeatmapDESeq2dplyr刨边机EnvStatsforcatsGenomicRangesggplot2ggrepel(> = 0.9),IRanges生命周期limmamagrittrmatrixStats、方法、MultiAssayExperimentpurrrR6Rdpackrlang统计数据,S4Vectorstidyr,跑龙套
链接
建议 BiocStyleDelayedArrayDT、网格httrknitrrmarkdownstatmodtestthat(> = 2.0),vdiffrwithr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/insightsengineering/hermes/
BugReports https://github.com/insightsengineering/hermes/issues
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源包 hermes_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 hermes_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) hermes_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) hermes_1.2.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hermes
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/hermes
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/hermes/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/hermes/
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