h5vc

DOI:10.18129 / B9.bioc.h5vc

使用hdf5后端管理对齐计数

Bioconductor版本:发行版(3.13)

这个包包含与NGS实验数据交互的函数，这些数据存储在HDF5文件中。

作者:保罗·西奥多·皮尔

维护者:Paul Theodor Pyl < Paul . Theodor。所有gmail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“h5vc”)

超文本标记语言	R脚本	用h5vc和shiny构建最小基因组浏览器
超文本标记语言	R脚本	h5vc——旅游
PDF		参考手册

细节

biocViews	bob 体育平台下载
版本	2.26.1
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(7.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	网格,gridExtra，ggplot2
进口	rhdf5，重塑，S4Vectors，IRanges，Biostrings，Rsamtools(> = 1.99.1)、方法GenomicRanges，abind，BiocParallel，BatchJobs，h5vcData，GenomeInfoDb
链接	Rhtslib(> = 1.15.3)
建议	knitr，locfit，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，biomaRt，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	h5vcData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	h5vc_2.26.1.tar.gz
Windows二进制	h5vc_2.26.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	h5vc_2.26.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/h5vc
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ h5vc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/h5vc/
包下载报告	下载数据
bioc3.13的旧源包	源存档