glmSparseNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.glmSparseNet

网络中心指标Elastic-Net正则化模型

Bioconductor版本:版本(3.16)

glmSparseNet是一种R-package,概括了稀疏的回归模型时(如基因)的特性有一个图结构(如蛋白质-蛋白质之间的关系),包括基于网络的regularizers。glmSparseNet使用glmnet R-package,包括网络的中心措施惩罚权重正规化。当前版本实现正规化基于节点度,即强度和/或相关的边缘,通过促进中心在解决方案或孤儿基因在解决方案。所有glmnet分布的家庭支持,即“高斯”、“泊松”,“二”,“多项”、“考克斯”,“mgaussian”。

作者:安德烈Verissimo (aut (cre),苏珊娜Vinga (aut),尤妮斯Carrasquinha[所有],玛尔塔洛佩斯(施)

维护人员:安德烈Verissimo <安德烈。在tecnico.ulisboa.pt verissimo >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“glmSparseNet”)

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文档

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HTML	R脚本	从字符串DB乳腺癌生存数据集使用网络
HTML	R脚本	分类的示例——乳腺浸润性癌
HTML	R脚本	例子为生存数据——乳腺浸润性癌
HTML	R脚本	例子为生存数据——前列腺腺癌
HTML	R脚本	例子为生存数据——皮肤黑色素瘤
HTML	R脚本	独立的两组Cox回归
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细节

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版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),矩阵,MultiAssayExperiment,glmnet
进口	SummarizedExperiment,biomaRt,futile.logger,futile.options,forcats跑龙套,dplyr,胶水,readr,消化,httr,ggplot2,survminer,reshape2,stringr、平行、方法
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,生存,survcomp,pROC,维恩图,BiocStyle,curatedTCGAData,TCGAutils
SystemRequirements
增强了
URL	https://www.github.com/sysbiomed/glmSparseNet
BugReports	https://www.github.com/sysbiomed/glmSparseNet/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	glmSparseNet_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	glmSparseNet_1.16.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	glmSparseNet_1.15.0.tgz
macOS二进制(arm64)	glmSparseNet_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/glmSparseNet
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ glmSparseNet
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/glmSparseNet/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/glmSparseNet/
包下载报告	下载数据