ggtree

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggtree

R包树和注释数据的可视化

Bioconductor版本:版本(3.15)

“ggtree”扩展了“ggplot2”绘图系统,实现图像的语法。“ggtree”是专为可视化和注释注释的系统发育树和其他树状结构数据。

作者:Guangchuang Yu (cre, aut cph]黑色,汤米Tsan-Yuk Lam (aut), Shuangbin徐(aut)林、李(施),布拉德利·琼斯(施)贾斯汀·西尔弗曼(施),Watal m . Iwasaki[所有],永和夏[所有],Ruizhu黄(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ggtree”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ggtree”)

HTML	R脚本	ggtree
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	3.4.1
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	猿,aplot,dplyr,ggplot2(> = 3.0.0)、网格magrittr、方法、purrr,rlang,ggfun(> = 0.0.6),yulab.utils,tidyr,tidytree(> = 0.3.9),treeio(> = 1.8.0),跑龙套,尺度
链接
建议	emojifont,ggimage,ggplotify,shadowtextgrDevices,knitr,prettydoc,rmarkdown统计数据,testthat,宠物猫,胶水
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/treedata-book/(书)http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041 - 210 x.12628(纸)
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/issues
取决于我	tanggle
进口我	cogeqc,enrichplot,ggmsa,ggtreeExtra,LinTInd,LymphoSeq,miaViz,microbiomeMarker,MicrobiotaProcess,orthogene,philr,singleCellTK,sitePath,systemPipeTools,treekoR
建议我	compcodeR,TreeAndLeaf,treeio,TreeSummarizedExperiment,universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ggtree_3.4.1.tar.gz
Windows二进制	ggtree_3.4.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	ggtree_3.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggtree
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggtree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggtree/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.15源码包	源存档