Bioconductor版本:版本(3.15)
“ggtree”扩展了“ggplot2”绘图系统,实现图像的语法。“ggtree”是专为可视化和注释注释的系统发育树和其他树状结构数据。
作者:Guangchuang Yu (cre, aut cph]黑色,汤米Tsan-Yuk Lam (aut), Shuangbin徐(aut)
林、李(施),布拉德利·琼斯(施)贾斯汀·西尔弗曼(施),Watal m . Iwasaki[所有],永和夏[所有],Ruizhu黄(施)
维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“ggtree”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ggtree”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ggtree”)
HTML | R脚本 | ggtree |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
版本 | 3.4.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(7.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.5.0) |
进口 | 猿,aplot,dplyr,ggplot2(> = 3.0.0)、网格magrittr、方法、purrr,rlang,ggfun(> = 0.0.6),yulab.utils,tidyr,tidytree(> = 0.3.9),treeio(> = 1.8.0),跑龙套,尺度 |
链接 | |
建议 | emojifont,ggimage,ggplotify,shadowtextgrDevices,knitr,prettydoc,rmarkdown统计数据,testthat,宠物猫,胶水 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://yulab-smu.top/treedata-book/(书)http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041 - 210 x.12628(纸) |
BugReports | https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/issues |
取决于我 | tanggle |
进口我 | cogeqc,enrichplot,ggmsa,ggtreeExtra,LinTInd,LymphoSeq,miaViz,microbiomeMarker,MicrobiotaProcess,orthogene,philr,singleCellTK,sitePath,systemPipeTools,treekoR |
建议我 | compcodeR,TreeAndLeaf,treeio,TreeSummarizedExperiment,universalmotif |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | ggtree_3.4.1.tar.gz |
Windows二进制 | ggtree_3.4.1.zip |
macOS 10.13(高山脉) | ggtree_3.4.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggtree |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggtree |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ggtree/ |
包下载报告 | 下载数据 |
老BioC 3.15源码包 | 源存档 |