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ggmsa
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ggmsa
使用'ggplot2'绘制多序列对齐
Bioconductor版本:发行版(3.16)
一个多序列比对和相关数据的可视化探索工具。使用'ggplot2'支持DNA, RNA和蛋白质序列的MSA。多序列比对可以很容易地与其他'ggplot2'图相结合，如'ggtree'可视化的系统发育树、箱线图、基因组图等。更多功能:序列标志，序列束，RNA二级结构的可视化和检测序列重组。
作者:周朗[aut, cre]，于广创[aut, ths]
、徐双斌[ctb]，黄慧娜[ctb]
维护人员:郎周
引文(从R内，输入引用(“ggmsa”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“ggmsa”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | ggmsa |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在Bioconductor | bio3.14 (R-4.1)(1年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.1.0) |
| 进口 | Biostrings，ggplot2，magrittr，tidyr， utils，统计，aplot，RColorBrewer，ggalt，ggforce，dplyr，R4RNAgrDevices,seqmagick，网格，方法，statebins，ggtree(> = 1.17.1) |
| 链接 | |
| 建议 | ggtreeExtra，猿，cowplot，knitr，BiocStyle，rmarkdown，readxl，ggnewscale，kableExtra，gggenes，testthat(> = 3.0.0) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://doi.org/10.1093/bib/bbac222(纸)https://www.amazon.com/Integration-Manipulation-Visualization-Phylogenetic-Computational-ebook/dp/B0B5NLZR1Z/(书) |
| BugReports | https://github.com/YuLab-SMU/ggmsa/issues |
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| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | ggmsa_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | ggmsa_1.4.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | ggmsa_1.4.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | ggmsa_1.4.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggmsa |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ggmsa |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/ggmsa/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ggmsa/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
