GGBIO.

DOI：10.18129 / b9.bioc.ggbio.

基因组数据的可视化工具

Biocometiond版本：释放（3.12）

GGBIO包扩展并专用了用于生物数据的图形语法。图形旨在回答常见的科学问题，特别是那些经常要求高吞吐基因组学数据的科学问题。适当的情况下支持所有核心生物导体数据结构。该包装支持特定基因组区域的详细视图，以及基因组概述。支持的概述包括表意外行为和大线性视图。高级绘图包括序列片段长度，边缘链接间隔到数据视图，不匹配堆叠和几个拼接摘要。

作者：Tengfei Yin [Aut]，Michael Lawrence [Aut，Ths，Cre]，Dianne Cook [Aut，Ths]，Johannes Rainer [CTB]

维护者：Michael Lawrence

安装

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if（！properenamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“ggbio”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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PDF.		第0部分：简介和快速入门
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.38.0
在生物导体中以来	BIOC 2.9（R-2.14）（9.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	方法，生物根系那ggplot2.（> = 1.0.0）
进口	网格，GRDEVICE，图形，统计数据，UTIL，格拉底那秤那重塑2.那GTABLE.那HMISC.那Biovizbase.（> = 1.29.2），BioBase.那S4Vectors.（> = 0.13.13），绞喉（> = 2.11.16），Genomeinfodb.（> = 1.1.3），Genomicranges.（> = 1.29.14），概括分析那生物仪器那RSAMTOOLS.（> = 1.17.28），基因管理（> = 1.1.16），bsgenome.那VariantAnnotation.（> = 1.11.4），rtracklayer.（> = 1.25.16），基因组法（> = 1.29.11），Organismdbi.那施说那Ensembldb.（> = 1.99.13），annotationdbi.那annotationfilter那rlang.
链接到
建议	VSN.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那homo.sapiens.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那txdb.mmusculus.ucsc.mm9.knowngene.那kn那生物焦那testthat.那ensdb.hsapiens.v75.那Tinytex.
系统要求
加强
URL.	http://tengfei.github.com/ggbio/
Bugreports.	https://github.com/tengfei/ggbio/issues.
取决于我	咖啡店那incansv.
进口我	derfinderplot那Fourcseq.那基因组唑.那msgbsr.那PI.那R3CPET.那r那ReportingTools.那riboprofiling那颈背那Somaticsignatures.
建议我	Bambu.那Beadarray那Ensembldb.那gqtlstats.那Gwascat那ihwpaper.那互动神血那Nanoporernaseq.那RegionReport.那rnbeads.那single.mtec.transcriptomes.那SomaticCencealterations那StrafturalVariantAnnotation.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	ggbio_1.38.0.tar.gz.
Windows二进制文件	ggbio_1.38.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	ggbio_1.38.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/ggbio.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ ggbio
包短网址	https://biocumon.org/packages/ggbio/
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