gdsfmt

DOI:10.18129 / B9.bioc.gdsfmt

R接口CoreArray基因组数据结构(GDS)文件

Bioconductor版本:版本(3.13)

提供了一个高层次的R接口CoreArray基因组数据结构(GDS)数据文件。GDS是便携式跨平台与层次结构存储多个可伸缩array-oriented数据集元数据信息。它是适合大规模数据集,特别是数据远远大于可用的随机访问存储器。gdsfmt包提供了高效的业务专门为小于8位整数,从一个二倍体基因型,像单核苷酸多态性(SNP),通常比一个字节占用更少的比特。数据压缩和解压可用较高效的随机访问。它也允许在与GDS文件读取多个R流程支持的并行方案。

作者:Xiuwen郑(aut (cre),斯蒂芬妮Gogarten[所有],生前的盖尔和马克阿德勒(施)(包括zlib来源),Yann夹头(施)(包括LZ4来源),xz贡献者(施)(包括liblzma来源)

维护人员:Xiuwen郑< zhengx u.washington.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gdsfmt”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gdsfmt”)

HTML	R脚本	GDS简介格式
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(6.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(> = 2.15.0)方法
进口
链接
建议	平行,消化,矩阵,蜡笔,RUnit,knitr,减价,rmarkdown,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/zhengxwen/gdsfmt
BugReports	http://github.com/zhengxwen/gdsfmt/issues
取决于我	bigmelon,GDSArray,SAIGEgds,SCArray,SeqArray,SNPRelate
进口我	CNVRanger,《创世纪》,GWASTools,SeqSQC,SeqVarTools,VariantExperiment
建议我	AnnotationHub,HIBAG
我的链接	SeqArray,SNPRelate
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gdsfmt_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	gdsfmt_1.28.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	gdsfmt_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gdsfmt
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gdsfmt
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gdsfmt/
包下载报告	下载数据