量规

doi：10.18129/b9.bioc.gage

通常适用于途径分析的基因 - 富集

生物导体版本：版本（3.15）

GAGE是一种已发表的基因集（富集或GSEA）或途径分析的方法。GAGE通常适用于微阵列或RNA-seq数据属性，包括样本量，实验设计，测定平台和其他类型的异质性，并始终如一地实现优于其他常用方法的卓越性能。在GAGE软件包中，我们提供了基本量规分析，结果处理和演示的功能。我们还在批处理，并行分析之间的比较以及对不同来源/研究的异质数据的联合分析中构建了多个量规分析的管道例程。此外，我们还基于KEGG途径和GO术语提供了演示微阵列数据和常用的基因集数据。这些功能和数据也可用于使用其他方法的基因集分析。

作者：Weijun Luo

维护者：weijun luo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ gage”）

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文档

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Browsevignettes（“ gage”）

PDF	R脚本	基因集和数据准备
PDF	R脚本	通常适用的基因组/途径分析
PDF	R脚本	RNA-seq数据途径和基因组分析工作流程
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	2.46.0
在生物导体中	Bioc 2.7（R-2.12）（12年）
执照	GPL（> = 2.0）
要看	R（> = 3.5.0）
进口	图形，，，，keggrest，，，，AnnotationDbi，，，，go.db
链接
建议	PathView，，，，Gagedata，，，，org.hs.eg.db，，，，HGU133A.DB，，，，gseabase，，，，rsamtools，，，，基因组签名，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，deseq2，，，，EDGER，，，，林玛
系统要求
增强
URL	https://github.com/datapplab/gagehttp://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161
取决于我	Egsea
进口我	exp2flux
建议我	fgnet，，，，Gagedata，，，，PathView，，，，sbgnview
链接到我
构建报告

包装档案

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源包	gage_2.46.0.tar.gz
Windows二进制	gage_2.46.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	gage_2.46.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gage
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/量具
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/gage/
软件包下载报告	下载统计