gCrisprTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCrisprTools

套功能汇集Crispr屏幕质量控制和分析

Bioconductor版本:版本(3.15)

的工具集来评估集中大规模筛选实验中,通常采用CRISPR磁带/ Cas9或成分表达式。包含的方法询问图书馆和磁带的行为在一个实验中,确定不同的丰富的磁带,聚合信号识别候选目标的实证验证,假设检验和全面的报告。2.0版本扩展了这些应用程序中将包括各种工具和集成信号在许多实验中,包含扩展信号浓缩方法通过“麻雀”方案,并简化许多正式的需求在interpretablity援助。

作者:拉塞尔•贝恩Dariusz Ratman,史蒂夫•Lianoglou彼得哈

维修工:拉塞尔·贝恩<俄国人。贝恩在gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gCrisprTools”)

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版本	2.2.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	Biobase,limma,RobustRankAggreg,ggplot2,SummarizedExperiment、网格rmarkdown、grDevices、图形、方法ComplexHeatmap,统计,跑龙套,平行
链接
建议	刨边机,knitr,AnnotationDbi,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,BiocGenerics,减价,RUnit,麻雀,msigdbr,fgsea
SystemRequirements
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gCrisprTools_2.2.1.tar.gz
Windows二进制	gCrisprTools_2.2.1.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	gCrisprTools_2.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gCrisprTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gCrisprTools/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.15源码包	源存档