鱼池

DOI：10.18129 / b9.bioc.frichond.

Fishpond：差分转录物和基因表达，具有推理复制

Biocometiond版本：释放（3.12）

FishPond包含使用推断重复的RNA-SEQ数据的差分转录物和基因表达分析的方法，因为GIBBS采样或自举采样产生的丰富量化的不确定度。此包还包含用于使用三文鱼和Alevin量化文件的实用程序。

作者：Anzi Zhu [Aut，CTB]，Michael Love [Aut，Cre]，Avi Srivastava [Aut，CTB]，Rob Patro [Aut，CTB]，Joseph Ibrahim [Aut，CTB]，Hirak Sarkar [CTB]，Scott VanBuren [CTB]

维护者：Michael Love

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！procenameSpace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“fishpond”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“FISHPOND”）

HTML.	r script.	具有推理复制的DTE和DGE
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细节

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版本	1.6.0
在生物导体中以来	BIOC 3.9（R-3.6）（2年）
执照	GPL-2
依靠
进口	图形，统计数据，Utils，方法，ab那GTOOLS.那QValue.那S4Vectors.那概括分析那MatrixStats.那svmisc.那rcpp.那矩阵
链接到	rcpp.
建议	testthat.那kn那RAMAMAMDOW.那巨噬细胞那tximeta.那org.hs.eg.db.那Samr.那deseq2.那apeglm.那tximportdata.那SinglecellexPeriment.
系统要求	C ++ 11.
加强
URL.	https://github.com/mikelove/fishpond.
取决于我
进口我
建议我	tximport.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	fishpond_1.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件	fishpond_1.6.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	fishpond_1.6.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/fishpond.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/鱼
包短网址	https://biocumon.org/packages/fishpond/
包裹下载报告	下载统计信息