fgsea

DOI:10.18129 / B9.bioc.fgsea

快速基因集富集分析

Bioconductor版本:发行版(3.13)

该软件包实现了一种快速基因集富集分析算法。使用快速算法可以进行更多的排列并获得更细粒度的p值，这允许使用精确的标准方法对多个假设进行校正。

作者:Gennady Korotkevich [aut]， Vladimir Sukhov [aut]， Nikolay Budin [ctb]， Alexey Sergushichev [aut, cre]

维护人员:Alexey Sergushichev

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("fgsea")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“fgsea”)

超文本标记语言	R脚本	使用fgsea的包
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (> = 3.3)
进口	Rcpp，data.table，BiocParallel统计数据,ggplot2(> = 2.2.0),gridExtra、网格fastmatch，矩阵,跑龙套
链接	Rcpp，黑洞
建议	testthat，knitr，rmarkdown，reactome.db，AnnotationDbi平行,org.Mm.eg.db，limma，GEOquery
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/ctlab/fgsea/
BugReports	https://github.com/ctlab/fgsea/issues
取决于我	gsean，PPInfer
进口我	ASpediaFI，CelliD，CEMiTool，clustifyr，cTRAP，剂量，fobitools，lipidr，mCSEA，multiGSEA，phantasus，钢琴，RegEnrich，signatureSearch，ViSEAGO
建议我	mdp，π，ttgsea
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	fgsea_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	fgsea_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	fgsea_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fgsea
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fgsea
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fgsea/
包下载报告	下载数据