fcoex

DOI:10.18129 / B9.bioc.fcoex

FCBF-based Co-Expression网络对单个细胞

Bioconductor版本:版本(3.15)

fcoex包实现了一个容易使用的界面co-expression分析基于FCBF(快速Correlation-Based过滤器)算法。这是实现especifically处理单细胞数据。模块可以用来定义细胞群,发现unrevel小说基因关联和预测基因功能的牵连。包结构是改编自CEMiTool包,依赖可视化和代码设计和CEMiTool的作者写的。

作者:蒂亚戈Lubiana (aut (cre)举行Nakaya (aut,黑色)

维护人员:蒂亚戈Lubiana < tiago.lubiana。阿尔维斯在usp.br >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“fcoex”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“fcoex”)

HTML	R脚本	fcoex: co-expression单细胞数据
HTML	R脚本	fcoex: co-expression单细胞数据与修集成
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	FCBF平行,进步,dplyr,ggplot2,ggrepel,igraph、网格鹰图,stringr,clusterProfiler,data.table、grDevices、方法网络,尺度,系统网络体系结构(sna),跑龙套,统计数据,SingleCellExperiment,pathwayPCA,矩阵
链接
建议	testthat(> =魅惑,devtools,BiocManager,TENxPBMCData,嘘,schex,gridExtra,食物,修拉,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	fcoex_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	fcoex_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	fcoex_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fcoex
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fcoex
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fcoex/
包下载报告	下载数据