fastreeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.fastreeR

系统发育、距离等计算VCF和Fasta文件

Bioconductor版本:版本(3.16)

计算距离,构建系统发育树或执行层次聚类样本之间的VCF或FASTA文件。函数是在Java中实现并通过rJava叫。并行实现,直接在VCF或FASTA文件快速执行。

作者:Anestis Gkanogiannis (aut (cre)

维护人员:Anestis Gkanogiannis < Anestis gkanogiannis.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“fastreeR”)

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文档

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HTML	R脚本	fastreeR
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细节

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版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2)
进口	猿,data.table,dynamicTreeCut、方法、R.utils,rJava统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	BiocFileCache,BiocStyle、图形、knitr,memuse,rmarkdown,拼写,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	Java (> = 8)
增强了
URL	https://github.com/gkanogiannis/fastreeRhttps://github.com/gkanogiannis/BioInfoJava-Utils
BugReports	https://github.com/gkanogiannis/fastreeR/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	fastreeR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	fastreeR_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	fastreeR_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	fastreeR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fastreeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fastreeR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/fastreeR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fastreeR/
包下载报告	下载数据