extraChIPs

DOI:10.18129 / B9.bioc.extraChIPs

额外的功能来处理ChIP-Seq数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包是建立在现有工具和增加了一些简单但非常有用的用于处理ChIP-Seq数据的功能。重点是检测微分绑定windows /地区。一组函数小说集合操作保留mcols农庄组织对象,而另一组功能帮助可视化的结果。强迫宠物猫对象也包括在内。

作者:斯蒂芬Pederson (aut (cre)

维修工:斯蒂芬Pederson < stephen.pederson。非盟在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“extraChIPs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	微分约束分析
HTML	R脚本	基于范围的操作
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.2.3
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	BiocParallelR (> = 4.2.0),GenomicRanges,ggplot2(> = 3.4.0),SummarizedExperiment,宠物猫
进口	BiocIO,扫帚,ComplexUpset,csaw,dplyr,刨边机,EnrichedHeatmap,forcats,GenomeInfoDb,GenomicInteractions,ggforce,ggrepel,ggside,胶水、grDevices、网格Gviz,InteractionSet,IRanges,limma、方法、RColorBrewer,rlang,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors,尺度统计数据,stringr,tidyr,tidyselect跑龙套,vctrs,维恩图
链接
建议	BiocStyle,covr,knitr,plyranges,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0),tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/steveped/extraChIPs
BugReports	https://github.com/steveped/extraChIPs/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	extraChIPs_1.2.3.tar.gz
Windows二进制	extraChIPs_1.2.3.zip
macOS二进制(x86_64)	extraChIPs_1.2.3.tgz
macOS二进制(arm64)	extraChIPs_1.2.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/extraChIPs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ extraChIPs
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/extraChIPs/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/extraChIPs/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.16源码包	源存档