Exomepeak2
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doi：10.18129/b9.bioc.exomepeak2
Merip-Seq的偏置峰值通话和量化
生物导体版本：版本（3.13）
ExomePeak2提供了甲基化RNA免疫沉淀测序数据（MERIP-SEQ）的偏置感知定量和峰值检测。Merip-Seq是一种常用的测序技术，可以在给定的细胞系条件下测量RNA修饰位点的位置和丰度。然而，Merip-Seq中的定量和峰值调用对PCR扩增偏差敏感，这些偏差通常存在于下一代测序（NGS）技术中。此外，RNA-Seq产生的计数数据在生物学重复之间表现出显着的生物学变化。ExomePeak2通过引入一系列针对Merip-Seq量身定制的强大数据科学工具来共同解决挑战。使用ExomePeak2，用户可以通过直接的单步函数执行峰值呼叫，修改站点量化和差分分析。另外，多步函数可用于生成诊断图并执行自定义分析。
作者：Zhen Wei [AUT，CRE]
维护者：zhen wei
引用（从r内，输入引用（“ ExomePeak2”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ exomeOmePeak2”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ ExomePeak2”）
| html | R脚本 | ExomePeak2用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
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| 版本 | 1.4.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.11（R-4.0）（1年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | 总结性特征，，，，CQN |
| 进口 | rsamtools，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，deseq2，，，，GGPLOT2，，，，mclust，，，，GeneFilter，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，生物比较，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，RESHAPE2，，，，rtracklayer，，，，apeglm，方法，统计，utils，生物酶，，，，GenomeInfodB，，，，生物基因 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，rmariaDB |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/zw-xjtlu/exomepeak2/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
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| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | exomepeak2_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | exomepeak2_1.4.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | exomepeak2_1.4.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomepeak2 |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/exomepeak2 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/exomepeak2/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
