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exomeCopy
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DOI:10.18129 / B9.bioc.exomeCopy
拷贝数变异检测从外显子组测序深度阅读
Bioconductor版本:版本(3.15)
检测拷贝数变异(CNV)外显子组测序样本,包括未配对样本。包实现了隐马尔科夫模型,使用位置,如背景阅读深度和GC-content,同时不断复制的规范化和样本分割成区域计数。
作者:迈克尔的爱
维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“exomeCopy”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“exomeCopy”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“exomeCopy”)
| R脚本 | 外显子组测序数据中拷贝数变异检测 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.42.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.9 (r - 2.14)(10.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.5.0),IRanges(> = 2.5.27),GenomicRanges(> = 1.23.16),Rsamtools |
| 进口 | stats4、方法GenomeInfoDb |
| 链接 | |
| 建议 | Biostrings |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | cn.mops,CNVPanelizer,contiBAIT |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | exomeCopy_1.42.0.tar.gz |
| Windows二进制 | exomeCopy_1.42.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | exomeCopy_1.42.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomeCopy |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ exomeCopy |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/exomeCopy/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
