epimutacions

DOI:10.18129 / B9.bioc.epimutacions

DNA甲基化数据的稳健异常值识别

Bioconductor版本:Release (3.15)

该软件包包括一些统计异常值检测方法，用于DNA甲基化数据中的外突变检测。软件包中包含的方法包括MANOVA、多元线性模型、隔离森林、稳健马氏距离、分位数和beta。该方法将带有疑似疾病的病例样本与参考小组(由健康个体组成)进行比较，以确定给定病例样本中的突变。它还包含注释和可视化已识别的变体的函数。

作者:Leire Abarrategui [aut, cre]， Juan R. Gonzalez [aut]， Carlos Ruiz-Arenas [aut]， Carles Hernandez-Ferrer [aut]

维护者:Leire Abarrategui < Abarrategui。Leire在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“epimutacions”)

超文本标记语言	R脚本	用最先进的方法检测甲基化数据中的外突变
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文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.0.3
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)，epimutacionsData
进口	minfi，bumphunter，isotree，robustbase，ggplot2，GenomicRanges，GenomicFeatures，IRanges，SummarizedExperiment统计数据,matrixStats，BiocGenerics，S4Vectors跑龙套,biomaRt，BiocParallel
链接
建议	AnnotationDbi，AnnotationHub，testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，a4Base，kableExtra，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，rtracklayer、方法、ensembldb，ExperimentHub，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19、网格gridExtragrDevices,宠物猫，Gviz，ggrepel，reshape2，purrr，GenomeInfoDb，Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/isglobal-brge/epimutacions
BugReports	https://github.com/isglobal-brge/epimutacions/issues
全靠我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	epimutacions_1.0.3.tar.gz
Windows二进制	epimutacions_1.0.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	epimutacions_1.0.3.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epimutacions
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epimutacions
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epimutacions/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.15的旧源包	源存档