Epigrahmm
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.epigrahmm
基于隐藏的马尔可夫模型的基于表观基因组R的分析
生物导体版本：版本（3.15）
Epigrahmm提供了一组工具，用于基于隐藏的马尔可夫模型分析表观基因组数据。它包含两个独立的峰呼叫者，一个用于生物学或技术重复的共识峰，另一个用于来自多重复制多条件实验的差异峰。在差异峰值中，Epigrahmm提供了与各种条件跨条件的所有可能组合模式相关的窗口特异性后验概率。
作者：Pedro Baldoni [AUT，CRE]
维护者：pedro baldoni
引用（从r内，输入引用（“ Epigrahmm”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ epigrahmm”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Epigrahmm”）
| html | R脚本 | 与Epigrahmm的共识和差分峰值 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.13（R-4.1）（1。5年） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | R（> = 3.5.0） |
| 进口 | RCPP，，，，马格里特，，，，Data.Table，，，，总结性特征， 方法，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，rtracklayer，，，，iranges，，，，rsamtools，，，，bamsignals，，，，CSAW，，，，S4VECTORS，，，，林玛，统计Rhdf5lib，，，，RHDF5，，，，矩阵，，，，大量的，，，，秤，，，，ggpubr，，，，GGPLOT2，，，，Greylistchip，，，，pheatmap，grdevices |
| 链接 | RCPP，，，，rcpparmadillo，，，，Rhdf5lib |
| 建议 | 测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn4，，，，GCAPC，，，，Chromstardata |
| 系统要求 | gnu做 |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Epigrahmm_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Epigrahmm_1.4.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | Epigrahmm_1.4.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epigrahmm |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/epigrahmm |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/epigrahmm/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
