epialleleR

DOI:10.18129 / B9.bioc.epialleleR

快速,外等位基因感知甲基化报告

Bioconductor版本:Release (3.15)

外等位基因是有丝分裂和/或减数分裂遗传的特定DNA甲基化模式。该软件包使用二进制比对图(BAM)文件作为输入,在下一代测序数据中调用基因组区域或单个胞嘧啶水平的高甲基化外等位基因频率。其他功能包括提取甲基化模式,计算每次读取beta值的经验累积分布函数,以及测试特定基因组位置(snp)上表观等位基因甲基化状态和碱基频率之间关联的重要性。

作者:Oleksii Nikolaienko [aut, cre]

维护者:Oleksii Nikolaienko < Oleksii。尼古拉连科在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“epialleleR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“epialleleR”)

超文本标记语言 R脚本 epialleleR
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.1)
进口 统计,方法,效用,GenomicRangesBiocGenericsGenomeInfoDbSummarizedExperimentVariantAnnotationstringidata.table
链接 Rcpp黑洞Rhtslibzlibbioc
建议 RUnitknitrrmarkdownggplot2ggstance
SystemRequirements c++ 17, GNU制作
增强了
URL https://github.com/BBCG/epialleleR
BugReports https://github.com/BBCG/epialleleR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 epialleleR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 epialleleR_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) epialleleR_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epialleleR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epialleleR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/epialleleR/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网