enrichTF

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichTF

转录因子富集分析

Bioconductor版本:发布(3.15)

由于转录因子(TF)通过单独或组合结合在基因组上，在调节转录过程中起着至关重要的作用，因此TF富集分析是从一组实验确定的调控区域中定位候选功能TF是一种有效而重要的方法。虽然人们普遍认为结构相关的TF可能对序列(即基序)具有相似的结合偏好，并且一个TF可能具有多个基序，但TF富集分析比基序富集分析更具挑战性。在这里，我们提出了一个将基序富集与PECA模型相结合的TF富集分析R包。

作者:郑伟，詹娜都仁，马世宁

维护者:郑伟

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("enrichTF")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“enrichTF”)

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.12.0
在Bioconductor中	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	pipeFrame
进口	BSgenome，rtracklayer，motifmatchr，TFBSTools，R.utils、方法、JASPAR2018，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，BiocGenerics，S4Vectors， utils, parallel, stats，ggpubr，heatmap3，ggplot2，clusterProfiler，rmarkdowngrDevices,magrittr
链接
建议	knitr，testthat，webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/wzthu/enrichTF
BugReports	https://github.com/wzthu/enrichTF/issues
这取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	enrichTF_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	enrichTF_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	enrichTF_1.12.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/enrichTF
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/enrichTF
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/enrichTF/
软件包下载报告	下载数据