enhancerHomologSearch

DOI:10.18129 / B9.bioc.enhancerHomologSearch

确定已知增强子的哺乳动物同源物

Bioconductor版本:发行版(3.15)

通过H3K4me1峰得到增强子区域的ENCODE数据，并搜索给定序列的同源区域。增强子同源区域的候选区域可以通过与目标TSS的距离进行筛选。来自人类和老鼠的最佳候选基因将彼此对齐，然后使用给定的增强子导出为多个对齐。

作者:欧建宏[aut, cre]， Valentina Cigliola [dtc]， Kenneth Poss [fnd]

维护者:Jianhong Ou < Jianhong。或者在duke.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("enhancerHomologSearch")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“enhancerHomologSearch”)

超文本标记语言	R脚本	enhancerHomologSearch装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 4.1.0)，方法
进口	BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，BiocParallel，BiocFileCache，GenomeInfoDb，GenomicRanges，httr，IRanges，jsonlite，motifmatchr，矩阵，rtracklayer，Rcpp，S4Vectors统计,跑龙套
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，org.Hs.eg.db，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，org.Mm.eg.db，MotifDb，testthat，TFBSTools
SystemRequirements
增强了
URL	https://jianhong.github.io/enhancerHomologSearch
BugReports	https://github.com/jianhong/enhancerHomologSearch/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	enhancerHomologSearch_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	enhancerHomologSearch_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	enhancerHomologSearch_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enhancerHomologSearch
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ enhancerHomologSearch
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/enhancerHomologSearch/
包下载报告	下载数据