EEGC

doi：10.18129/b9.bioc.eegc

基因分类（EEGC）的工程评估

生物导体版本：版本（3.15）

已经开发了该软件包来评估基于DNA微阵列或RNA测序筛选的高吞吐量基因表达数据，以评估干细胞直接分化干细胞或将体细胞转化为原代细胞的细胞工程过程。该软件包将基因表达曲线作为来自三种样品的输入：（i）分化的体细胞或干细胞（工程过程的输入），（ii）要评估的诱导细胞（工程过程的输出）（iii）目标主细胞（输出的参考）。该软件包对每个成对样品进行比较进行差异基因表达分析，以识别和评估三种样品（输入，输出，参考）之间的转录差异。理想的目标是诱导和主要参考单元显示重叠轮廓，这两者都与原始单元截然不同。

作者：肖亚扬周，瓜芬·孟，克里斯汀·纳迪尼，洪王

维护者：Xiaoyuan Zhou

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ EEGC”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ EEGC”）

PDF	R脚本	基因分类（EEGC）的工程评估
PDF		参考手册

细节

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版本	1.22.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（6年）
执照	GPL-2
要看	R（> = 3.4.0）
进口	r.utils，，，，GPLOTS，，，，sna，，，，WordCloud，，，，Igraph，，，，pheatmap，，，，EDGER，，，，deseq2，，，，clusterProfiler，，，，S4VECTORS，，，，GGPLOT2，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，林玛，，，，剂量，，，，AnnotationDbi
链接
建议	尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	EEGC_1.22.0.TAR.GZ
Windows二进制	EEGC_1.22.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	EEGC_1.22.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/eegc
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/eegc
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/eegc/
软件包下载报告	下载统计