edger.

DOI：10.18129 / b9.bioc.edger.

r的数字基因表达数据的实证分析

Bioconductor版本：释放（3.13）

具有生物复制的RNA-SEQ表达谱的差异表达分析。基于负二项份分布实现一系列统计方法，包括经验贝叶斯估计，精确测试，广义线性模型和准可能性测试。以及RNA-SEQ，它适用于产生读数的其他类型基因组数据的差分信号分析，包括芯片-SEQ，ATAC-SEQ，Bisulfite-SEQ，Sage和笼。

作者：云顺陈，亚伦TL LUN，戴维斯J麦卡锡，Matthew E Ritchie，Belinda Phipeon，Yifang Hu，Xiaobei Zhou，Mark D Robinson，Gordon K Smyth

维护者：Yunshun Chen ，Gordon Smyth ，Aaron Lun Mark Robinson

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！procenameSpace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“edger”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“edger”）

PDF.		edger小插图
PDF.		EdgeUsersGuide.pdf.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	3.34.0
在生物导体中以来	BIOC 2.3（R-2.8）（12.5岁）
执照	GPL（> = 2）
依靠	r（> = 3.6.0），林马（> = 3.41.5）
进口	方法，图形，统计数据，UIL，Locfit.那rcpp.
链接到	rcpp.
建议	雅思石那读书那RHDF5.，花键，BioBase.那annotationdbi.那概括分析那org.hs.eg.db.
系统要求	C ++ 11.
加强
URL.	http://bioinf.wehi.edu.au/edgerhttps://biocumon.org/packages/edger.
取决于我	Aspli.那DBCHIP.那edda.那EGSEA123那兴趣那甲基汞那mil那Reactomegsa.data.那RNASEQ123那rnaseqdtu.那rnaseqgeneedgerql.那rnaseqr.那rnaseqsamplesizatiodata.那Ruvseq.那仙人掌那TCC.那翻译
进口我	倍感工具那Anota2seq.那ArrayExpresshts.那Atacseqqc.那自主学那适华那贝凯那Bioqc.那CENSCET.那Chromscape.那Circrnaprofiler.那丁浓缩那cnvranger.那Compcoder.那共识那COSEQ.那countsimqc.那Crossmeta.那CSAW.那Damireseq.那DCE.那德布雷斯勒那decomplexdisease.那畸形那重新评估那去掉那diffcyt.那Diffhic.那差异那差异那dmrcate.那辅修那德里姆瑟克那Dropletuls.那easyrnaseq.那edda.那EEGC.那EGSEA.那Eisar.那emtdata.那enrichmentbrowser.那erccdashboard.那erssa.那exphuntersuite.那gdcrnatools.那光明那GSEABENCHMARMARR.那htsfilter.那冰茶那地狱那IsoformSwitchAnalyzer.那Mobsseq.那Maaslin2.那冰雹那METASEQR2.那米格莎那MLSEQ.那莫坦那msgbsr.那msmstests.那多种审核那马斯喀特那nbsplice.那实证那phipdata.那PPCSeq.那恰当的那psichomics.那rcm.那revountworkflow.那regsplice.那repitools.那ReportingTools.那rnaseqmap.那RNASEQSAMPLESIZE.那罗斯克那SCCB2.那SCDE.那烤那斯那setools.那SIMD.那singlecellsignalr.那斯嘉西尔那singscoreamlmutations.那spatialheatmap.那泼溅那Spsimseq.那议案那SVA.那Systempiper.那TBSignatureProfiler.那Tcseq.那TimeSeriesexperiment.那TRADESEQ.那TweedeSeQ.那vidger.那纱那Zinbwave.
建议我	ABSSEQ.那重音那生物室那CageWorkflow.那chipseqdb.那classifyr.那clonotyper那CQN.那Cydar.那dcanr.那亲爱的那descan2.那dittoseq.那Easyreporting.那edaseq.那吐那Gcrisprtools.那基因管理那Genomicranges.那glmgampoi.那Goseq.那GROHMM那GSAR.那GSVA.那理想的那Iseeu.那JCTSeqdata.那Leebamviews.那MissMethyl.那多米尔那叙事那RegionReport.那RibosomeProfiling QC那土星那SEQGATE.那SSPA.那stager.那潜艇那摘要博马克那tcgabiolinks.那Tidybulk.那Topaseq.那TopConfects.那tximeta.那tximport.那variancepartition.那Weitrix.那扳手那ZFPKM.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	Edger_3.34.0.tar.gz.
Windows二进制文件	edger_3.34.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	edger_3.34.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/edger.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ edger
包短网址	https://biocumon.org/packages/edger//
包裹下载报告	下载统计信息