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dpeak
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DOI:10.18129 / B9.bioc.dpeak
dPeak(反褶积的山峰ChIP-seq分析)
Bioconductor版本:版本(3.15)
dPeak是一个统计框架的高分辨率识别protein-DNA互动网站使用宠物并设置ChIP-Seq和ChIP-exo数据。它提供了计算效率和用户友好界面处理ChIP-seq和ChIP-exo数据,实现探索性分析,适合dPeak模型,导出的列表为下游分析预测结合位点。
作者:东峻涌,卡特·艾伦
维护人员:东峻涌<东峻。钟在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“dpeak”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“dpeak”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“dpeak”)
| R脚本 | dPeak | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(2年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R(> = 4.0.0)、方法、属性、跑龙套,图形,Rcpp |
| 进口 | 质量,IRanges,BSgenomegrDevices,平行 |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805 |
| SystemRequirements | GNU, meme, fimo |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/dongjunchung/dpeak/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | dpeak_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | dpeak_1.8.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | dpeak_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dpeak |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dpeak |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/dpeak/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
