DMRSEQ
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doi：10.18129/b9.bioc.dmrseq
从整个基因组亚硫酸盐测序中检测和推断差异甲基化区域
生物导体版本：版本（3.15）
该软件包实现了一种扫描基因组的方法，以检测并从整个基因组亚硫酸盐测序数据中对差异甲基化区域进行准确推断。该方法基于将检测到的区域与汇总的无效分布进行比较，即使每个人群可获得最少的两个样本，也可以实施。通过将广义的最小二乘（GLS）回归模型与嵌套自回归相关误差结构拟合，从而获得区域级统计，从而获得了感兴趣对转化甲基化比例的影响。
作者：Keegan Korthauer [CRE，AUT]
，Rafael Irizarry [AUT]，Yuval Benjamini [aut]，Sutirtha Chakraborty [aut]
维护者：Keegan Korthauer
引用（从r内，输入引用（“ DMRSEQ”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ dmrseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ dmrseq”）
| html | R脚本 | 用DMRSEQ分析Bisulfite-Seq数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.16.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.7（R-3.5）（4年） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | r（> = 3.5），BSSEQ |
| 进口 | 基因组机，，，，nlme，，，，GGPLOT2，，，，S4VECTORS，，，，rcolorbrewer，，，，Bumphunter，，，，延迟的matrixstats（> = 1.1.13），矩阵，，，，生物比较，，，，异常值， 方法，Locfit，，，，iranges，grdevices，图形，统计，utils，Annotatr，，，，AnnotationHub，，，，rtracklayer，，，，GenomeInfodB，花键 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 饼干 |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | dmrseq_1.16.0.tar.gz |
| Windows二进制 | dmrseq_1.16.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | dmrseq_1.16.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmrseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/dmrseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/dmrseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
