Dittoseq

doi：10.18129/b9.bioc.dittoseq

用户友好的单细胞和散装RNA测序可视化

生物导体版本：版本（3.15）

一种通用，用户友好，单细胞和块状RNA测序可视化工具包，可高度定制色盲友好，出版物质量的人物。Dittoseq同时接受Singlecellexperiment（SCE）和Seurat对象，以及通过转换为SCE的导入和用法，用于SCE，总结或DGELIST批量数据。可视化包括降低尺寸降低图，热图，散点图，跨组的成分百分比或表达等等。自定义范围从大小和标题调整到热图自动生成注释，轨迹分析覆盖到任何维度降低图的覆盖层，通过GGPLOTLY转换悬停在光标悬停的隐藏数据叠加等等等等。所有这些都具有简单的离散输入。色盲友善是由传奇调整（扩大的键）提供动力的，除了精心选择的同上物（）之外，还允许使用形状或重写层。

作者：Daniel Bunis [AUT，CRE]，Jared Andrews [AUT，CTB]

维护者：Daniel Bunis

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ dittoseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Dittoseq”）

html	R脚本	注释SCRNA-SEQ数据
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.8.1
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	GGPLOT2
进口	方法，色彩空间（> = 1.4），栅格，，，，牛仔图，，，，RESHAPE2，，，，pheatmap，grdevices，Ggrepel，，，，Ggridges，统计，utils，总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，S4VECTORS
链接
建议	情节，，，，测试，，，，Seurat（> = 2.2），deseq2，，，，EDGER，，，，ggplot.multistats，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，scrnaseq，，，，ggrastr（> = 0.2.0），复杂的图像，，，，Bluster，，，，评分，，，，斯克兰
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我	逃脱，，，，tidysinglecellexperiment
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	dittoseq_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	dittoseq_1.8.1.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	Dittoseq_1.8.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dittoseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dittoseq
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/dittoseq/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档