Dittoseq

doi:10.18129/b9.bioc.dittoseq

用户友好的单细胞和散装RNA测序可视化

生物导体版本:版本(3.15)

一种通用,用户友好,单细胞和块状RNA测序可视化工具包,可高度定制色盲友好,出版物质量的人物。Dittoseq同时接受Singlecellexperiment(SCE)和Seurat对象,以及通过转换为SCE的导入和用法,用于SCE,总结或DGELIST批量数据。可视化包括降低尺寸降低图,热图,散点图,跨组的成分百分比或表达等等。自定义范围从大小和标题调整到热图自动生成注释,轨迹分析覆盖到任何维度降低图的覆盖层,通过GGPLOTLY转换悬停在光标悬停的隐藏数据叠加等等等等。所有这些都具有简单的离散输入。色盲友善是由传奇调整(扩大的键)提供动力的,除了精心选择的同上物()之外,还允许使用形状或重写层。

作者:Daniel Bunis [AUT,CRE],Jared Andrews [AUT,CTB]

维护者:Daniel Bunis

引用(从r内,输入引用(“ Dittoseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ dittoseq”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Dittoseq”)

html R脚本 注释SCRNA-SEQ数据
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

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版本 1.8.1
在生物导体中 Bioc 3.11(R-4.0)(2。5年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 GGPLOT2
进口 方法,色彩空间(> = 1.4),栅格,,,,牛仔图,,,,RESHAPE2,,,,pheatmap,grdevices,Ggrepel,,,,Ggridges,统计,utils,总结性特征,,,,Singlecellexperiment,,,,S4VECTORS
链接
建议 情节,,,,测试,,,,Seurat(> = 2.2),deseq2,,,,EDGER,,,,ggplot.multistats,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,生物使用,,,,scrnaseq,,,,ggrastr(> = 0.2.0),复杂的图像,,,,Bluster,,,,评分,,,,斯克兰
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我 逃脱,,,,tidysinglecellexperiment
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 dittoseq_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 dittoseq_1.8.1.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) Dittoseq_1.8.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dittoseq
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/dittoseq
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/dittoseq/
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