差异

DOI：10.18129 / b9.bioc.diffutr.

差异：简化差动外显子和3'UTR使用

Bioconductor版本：释放（3.13）

Diffutr包为Limma / Edger / Dexseq -powered差分箱/外显子使用提供均匀的接口和绘图功能。它包括另外，Limma :: diffsplice方法的改进版本。最重要的是，Diffutr还将这些框架应用于使用Poly-A站点数据库的差分UTR使用量分析。

作者：皮埃尔 - 吕克·梅格兰[CRE，AUT]，Stefan Gerber [Aut]

维护者：Pierre-luc ermain

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“diffutr”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“漫反应”）

HTML.	r script.	1_diffutr.
HTML.	r script.	diffutr_diffsplice2.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.0.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.13（R-4.1）（<6个月）
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 4.0）
进口	S4Vectors.那概括分析那林马那edger.那Dexseq.那Genomicranges.那rsubread.那ggplot2.那rtracklayer.那ComplexHeatMap.那GGRepel.那stringi.，方法，统计，Genomeinfodb.那dplyr.那MatrixStats.那绞喉那Ensembldb.那viridislite.
链接到
建议	生物焦那kn
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/ethz-ins/diffutr.
取决于我
进口我
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链接给我
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包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	diffutr_1.0.0.tar.gz.
Windows二进制文件	diffutr_1.0.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	diffutr_1.0.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/diffutr.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/漫射
包短网址	https://biocumon.org/packages/diffutr/
包裹下载报告	下载统计信息