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diffHic
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DOI:10.18129 / B9.bioc.diffHic
微分Analyis高c数据
Bioconductor版本:版本(3.13)
检测差高c实验在生物条件的交互。方法是提供校准和数据预处理解读交互项。统计分析是基于磨边机和支持标准化和过滤。几个可视化选项也可用。
作者:亚伦Lun (aut (cre)戈登·史密斯(aut)
维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“diffHic”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“diffHic”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“diffHic”)
| diffHic装饰图案 | ||
| diffHicUsersGuide.pdf | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.24.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(6年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.5),GenomicRanges,InteractionSet,SummarizedExperiment |
| 进口 | Rsamtools,Rhtslib,Biostrings,BSgenome,rhdf5,刨边机,limma,csaw,locfit、方法、IRanges,S4Vectors,GenomeInfoDb,BiocGenericsgrDevices图形,统计,跑龙套,Rcpp,rtracklayer |
| 链接 | Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc,Rcpp |
| 建议 | BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,矩阵,testthat |
| SystemRequirements | GNU c++ 11日 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | diffHic_1.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | diffHic_1.24.0.zip(32位和64位) |
| macOS 10.13(高山脉) | diffHic_1.24.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffHic |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ diffHic |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/diffHic/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
