Deepsnv
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doi：10.18129/b9.bioc.deepsnv
在深度测序数据中检测亚克隆SNV。
生物导体版本：版本（3.15）
该软件包提供了用于检测超深（> = 100倍覆盖）测序实验中亚克隆突变的定量变体呼叫者。DeepSNV算法用于与同一基因座的控制实验的比较设置，并使用β-二元模型和似然比测试来区分测序误差和亚克隆SNV。Shearwater算法根据Beta -binomial模型计算贝叶斯分类器，用于用于具有多个样本的变体模型，用于精确估计模型参数（例如局部错误率和分散）以及先验知识，例如。从变异数据库（例如宇宙）。
作者：Niko Beerenwinkel [THS]，Raul Alcantara [CTB]，David Jones [CTB]，Inigo Martincorena [CTB]，Moritz Gerstung [AUT，CRE]
维护者：莫里茨·吉斯通
引用（从r内，输入引用（“ DeepSNV”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ deepsnv”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ DeepSNV”）
| R脚本 | 用于检测深度测序实验中低频变体的R包装 | |
| html | R脚本 | Shearwater ML |
| R脚本 | 亚克隆变体呼叫带有多个样本的呼叫，并使用剪切水的先验知识 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.42.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.10（R-2.15）（10。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 2.13.0），方法，图形，并行，iranges，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，生物弦，，，，VGAM，，，，变体（> = 1.13.44） |
| 进口 | Rhtslib |
| 链接 | Rhtslib（> = 1.13.1） |
| 建议 | rcolorbrewer，，，，尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | gnu做 |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 线粒体2 |
| 建议我 | Genomicfiles |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | deepSNV_1.42.1.tar.gz |
| Windows二进制 | deepSNV_1.42.1.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | deepsnv_1.42.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deepsnv |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/deepsnv |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/deepsnv/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.15的旧源软件包 | 来源存档 |
