去耦

doi：10.18129/b9.bioc.decoupler

去耦：从OMICS数据推断生物活动的计算方法合奏

生物导体版本：版本（3.15）

许多方法使我们能够使用先验知识资源中的信息从OMIC数据中提取生物活动，从而降低了统计能力和更好的解释性的维度。在这里，我们提出了DeConpler，这是一种包含不同统计方法的生物处理程序包，可以在统一框架内提取这些特征。DeClpler允许用户使用任何资源灵活测试任何方法。它结合了考虑网络交互的符号和重量的方法。Declpler可以与任何OMIC一起使用，只要其特征可以根据先验知识链接到生物过程。例如，在由转录因子或由激酶靶向的磷酸蛋白酶磷酸化材料调节的转录组学基因集中。

作者：pau badia-i-mommpel [aut，cre]，JesúsVélez-Santiago [aut]，Jana Braunger [AUT]，Celina Geiss [aut]，丹尼尔·迪米特罗夫[aut]，SophiaMüller-Dott [aut]，petr taus [aut]，AurélienDugourd[aut]，克里斯蒂安·H·荷兰[aut]，Ricardo O. Ramirez Flores [AUT]，Julio Saez-Rodriguez [aut]

维护者：pau badia-i-mompel

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ decoupler”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Declpler”）

html	R脚本	介绍
html	R脚本	途径活性推断从scrna-seq
html	R脚本	大量RNA-seq中的途径活性推断
html	R脚本	转录因子活性推断来自SCRNA-SEQ
html	R脚本	大量RNA-Seq中的转录因子活性推断
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细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	2.2.2
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	扫帚，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，矩阵，，，，purrr，，，，rlang，统计Stringr，，，，蒂布尔，，，，花花公子，，，，tidyselect，，，，用
链接
建议	Glmnet（> = 4.1.0），GSVA，，，，毒蛇，，，，fgsea（> = 1.15.4），Aucell，，，，总结性特征，，，，rpart，，，，游侠，，，，生物使用，，，，COVR，，，，尼特，，，，pkgdown，，，，Refmanager，，，，rmarkDown，，，，roxygen2，，，，SessionInfo，，，，pheatmap，，，，测试，，，，Omnipathr，，，，Seurat，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，，，，拼布
系统要求
增强
URL	https://saezlab.github.io/decoupler/
BugReports	https://github.com/saezlab/decoupler/issues
取决于我
进口我	后代
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	decoupler_2.2.2.2.2.tar.gz
Windows二进制	decoupler_2.2.2.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	decoupler_2.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decoupler
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/decpler
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/decoupler/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档