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decontam
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DOI:10.18129 / B9.bioc.decontam
识别标志基因中的污染物和宏基因组测序数据
Bioconductor版本:版本(3.16)
简单的统计识别污染标志基因序列特征或宏基因组数据。适用于任何类型的特性来源于环境测序数据(例如asv、辣子鸡、分类群的杂志,…)。需要DNA定量数据或测序负控制样本。
作者:本杰明·卡拉汉(aut (cre),妮可•玛丽•戴维斯(aut) Felix通用恩斯特(施)
维修工:本杰明·卡拉汉< benjamin.j。卡拉汉在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“decontam”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“decontam”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“decontam”)
| HTML | R脚本 | 介绍dada2 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.18.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(> = 3.4.1)、方法(> = 3.4.1) |
| 进口 | ggplot2(> =魅惑,reshape2(> = 1.4.1),统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,phyloseq |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/benjjneb/decontam |
| BugReports | https://github.com/benjjneb/decontam/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 米娅 |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | decontam_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | decontam_1.18.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | decontam_1.18.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | decontam_1.18.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decontam |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ decontam |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/decontam/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/decontam/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
