decontam

DOI:10.18129 / B9.bioc.decontam

识别标志基因中的污染物和宏基因组测序数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

简单的统计识别污染标志基因序列特征或宏基因组数据。适用于任何类型的特性来源于环境测序数据(例如asv、辣子鸡、分类群的杂志,…)。需要DNA定量数据或测序负控制样本。

作者:本杰明·卡拉汉(aut (cre),妮可•玛丽•戴维斯(aut) Felix通用恩斯特(施)

维修工:本杰明·卡拉汉< benjamin.j。卡拉汉在gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“decontam”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“decontam”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“decontam”)

HTML R脚本 介绍dada2
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 3.4.1)、方法(> = 3.4.1)
进口 ggplot2(> =魅惑,reshape2(> = 1.4.1),统计数据
链接
建议 BiocStyle,knitr,rmarkdown,phyloseq
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/benjjneb/decontam
BugReports https://github.com/benjjneb/decontam/issues
取决于我
进口我 米娅
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 decontam_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 decontam_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64) decontam_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64) decontam_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decontam
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ decontam
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/decontam/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/decontam/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网