dearseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dearseq

通过一个健壮的微分表达式分析RNA-seq数据方差组件测试

Bioconductor版本:版本(3.15)

微分表达式分析RNA-seq数据方差分量通过精密权重分数测试占数据异方差性。执行gene-wise和基因分析,可以处理重复或纵向数据。方法详细:我)Agniel D & Hejblum BP(2017)方差分量的分数测试时间进程基因设置纵向RNA-seq数据的分析,生物统计学,18 (4):589 - 604;和2)Gauthier M, Agniel D, Thiebaut R & Hejblum BP (2020) dearseq:一个方差分量的分数测试RNA-Seq微分分析,有效地控制错误发现率,NAR基因组学和生物信息学,2 (4):lqaa093。

作者:丹尼斯Agniel (aut),鲍里斯·p·Hejblum (aut (cre),海洋附近(aut),梅勒妮Huchon(施)

维护人员:鲍里斯·p·Hejblum <鲍里斯。在u-bordeaux.fr hejblum >

安装

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HTML	R脚本	dearseqUserguide
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版本	1.8.4
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-2 |文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	CompQuadForm,dplyr,ggplot2,KernSmooth,magrittr,matrixStats、方法、拼接而成平行,pbapply,reshape2,rlang统计数据,statmod,调查,宠物猫,viridisLite
链接
建议	Biobase,BiocManager,BiocSet,刨边机,DESeq2,GEOquery,GSA,knitr,limma,readxl,rmarkdown,S4Vectors,SummarizedExperiment,testthat,covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/borishejblum/dearseq/issues
取决于我
进口我	benchdamic
建议我	GeoTcgaData, TcGSA
我的链接
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包档案

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源包	dearseq_1.8.4.tar.gz
Windows二进制	dearseq_1.8.4.zip
macOS 10.13(高山脉)	dearseq_1.8.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dearseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dearseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dearseq/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.15源码包	源存档