dada2

DOI:10.18129 / B9.bioc.dada2

准确的，高分辨率的样本推断从扩增子测序数据

生物导体版本:发布(3.13)

dada2包从高通量扩增子测序数据推断出精确的扩增子序列变体(ASVs)，取代了粗糙和不准确的OTU聚类方法。dada2管道以解复用的fastq文件作为输入，在去除替换和嵌合错误后输出序列变体及其采样丰度。分类可通过原生的RDP朴素贝叶斯分类器实现，并通过精确匹配对16S rRNA基因片段进行物种级分配。

作者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。卡拉汉在gmail.com >,Paul McMurdie, Susan Holmes

维护人员:Benjamin Callahan < Benjamin .j。卡拉汉在gmail.com >

安装

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超文本标记语言	R脚本	介绍dada2
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	LGPL-2
取决于	R (> = 3.4.0),Rcpp(>= 0.12.0)，方法(>= 3.4.0)
进口	Biostrings(> = 2.42.1),ggplot2(> =魅惑,reshape2(> = 1.4.1),ShortRead(> = 1.32.0),RcppParallel(>= 3.2.0)， >= 3.2.0，IRanges(> = 2.6.0),XVector(> = 0.16.0),BiocGenerics(> = 0.22.0)
链接	Rcpp,RcppParallel
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://benjjneb.github.io/dada2/
BugReports	https://github.com/benjjneb/dada2/issues
取决于我
进口我	Rbec
建议我	米娅
我的链接
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包档案

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源包	dada2_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	dada2_1.20.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	dada2_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dada2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dada2/
包下载报告	下载数据