ctgGEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.ctgGEM

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从基因表达数据生成树层次可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于基因表达矩阵的细胞树生成器(ctgGEM)通过多种现有工具简化了单细胞基因表达数据的细胞状态层次结构的构建，以提高可比性和可重复性。它支持来自monocle、cellTree、TSCAN、sincell和destiny的伪时间排序算法和可视化工具，并提供了与下游数据分析工作流和Cytoscape集成的统一输出格式。

作者:Mark Block [aut]， Carrie Minette [aut]， Evgeni Radichev [aut]， Etienne Gnimpieba [aut]， Mariah Hoffman [aut]，美国生物医学工程[aut, cre]

维护者:USD生物医学工程

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

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版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	单片眼镜，SummarizedExperiment
进口	Biobase，BiocGenerics，图形，grDevices，igraph，矩阵，方法，utils，sincell，TSCAN
链接
建议	BiocStyle，biomaRt，HSMMSingleCell，irlba，knitr，rmarkdown，VGAM
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ctgGEM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ctgGEM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ctgGEM/
软件包下载报告	下载数据