Bioconductor版本:版本(3.15)
检测不同绑定地区ChIP-seq数据与滑动窗口,归一化方法和适当的罗斯福控制。
作者:亚伦Lun (aut (cre)戈登·史密斯(aut)
维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“csaw”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“csaw”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“csaw”)
HTML | R脚本 | 介绍 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
版本 | 1.30.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(7.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 3.5.0),GenomicRanges,SummarizedExperiment |
进口 | Rcpp,矩阵,BiocGenerics,Rsamtools,刨边机,limma、方法、S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel,metapod,跑龙套 |
链接 | Rhtslib,zlibbioc,Rcpp |
建议 | AnnotationDbi,org.Mm.eg.db,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,testthat,GenomicFeatures,GenomicAlignments,knitr,BiocStyle,rmarkdown,BiocManager |
SystemRequirements | GNU c++ 11日 |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | csawBook |
进口我 | diffHic,epigraHMM,extraChIPs,GRaNIE,icetea,NADfinder,火神 |
建议我 | chipseqDB |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | csaw_1.30.1.tar.gz |
Windows二进制 | csaw_1.30.1.zip(64位) |
macOS 10.13(高山脉) | csaw_1.30.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ csaw |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/csaw/ |
包下载报告 | 下载数据 |
老BioC 3.15源码包 | 源存档 |