crisprScore

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprScore

目标和非目标评分算法CRISPR gRNAs

Bioconductor版本:版本(3.17)

R提供包装的几个目标和非目标评分方法CRISPR指导rna (gRNAs)。以下支持核酸酶:SpCas9、AsCas12a enAsCas12a, RfxCas13d (CasRx)。可用的目标切割效率得分方法是RuleSet1,方位,DeepHF, DeepCpf1, enPAM + GB, CRISPRscan。CFD和麻省理工学院的计分方法可用于非目标特异性预测。包还提供了一个Lindel-derived评分预测的概率gRNA生产indels诱导的转移Cas9核酸酶。注意,DeepHF DeepCpf1 enPAM + GB并不是在Windows机器上可用。

作者:让-菲利普•福丁(cre, aut cph],亚伦Lun (aut),卢克Hoberecht[所有],Pirunthan Perampalam(施)

维护人员:让-菲利普•福丁< fortin946 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“crisprScore”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	crisprScore
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1),crisprScoreData(> = 1.1.3)
进口	蛇怪(> = 1.9.2),basilisk.utils(> = 1.9.1),BiocGenerics,Biostrings,IRanges、方法、randomForest网状、stringr跑龙套,XVector
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/crisprVerse/crisprScore/issues
BugReports	https://github.com/crisprVerse/crisprScore
取决于我
进口我	crisprDesign,crisprVerse
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	crisprScore_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	crisprScore_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	crisprScore_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprScore
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprScore
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/crisprScore/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crisprScore/
包下载报告	下载数据