crisprBowtie

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprBowtie

Bowtie-based对齐的CRISPR gRNA间隔序列

Bioconductor版本:版本(3.16)

提供了一个用户友好的界面来映射目标和非目标CRISPR gRNA间隔序列使用领结。对齐快,可以使用常用的或自定义执行CRISPR核酸酶。对齐方式可以处理任何参考或自定义的基因组。支持DNA和RNA-targeting核酸酶。

作者:让-菲利普•福丁(aut (cre)

维护人员:让-菲利普•福丁< fortin946 gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“crisprBowtie”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“crisprBowtie”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“crisprBowtie”)

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PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

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版本 1.2.0
Bioconductor自 BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 方法
进口 BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,crisprBase(> = 0.99.15),GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,Rbowtie,readr统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议 BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/crisprVerse/crisprBowtie
BugReports https://github.com/crisprVerse/crisprBowtie/issues
取决于我
进口我 crisprDesign,crisprVerse
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 crisprBowtie_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 crisprBowtie_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64) crisprBowtie_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64) crisprBowtie_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprBowtie
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprBowtie
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/crisprBowtie/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/crisprBowtie/
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