cpvSNP

DOI:10.18129 / B9.bioc.cpvSNP

基因SNP协会建立分析方法假定值位于基因在特定基因集

Bioconductor版本:版本(3.16)

基因分析方法存在SNP-level协会假定值组合为基因集,计算一个协会假定值为每个基因集。这个包实现了两个这样的方法,只需要计算SNP假定值,感兴趣的基因集(s),和一个相关矩阵(如果需要)。一个方法(GLOSSI)需要独立的单核苷酸多态性和其他(拉斯维加斯)可以考虑相关性(LD)单核苷酸多态性。内置的绘图函数可用来帮助用户可视化结果。

作者:凯特琳麦克休、杰西卡·拉尔森和杰森·哈克尼

维护人员:凯特琳麦克休< mchughc uw.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cpvSNP”)

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PDF	R脚本	基因分析和运行“cpvSNP”包
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细节

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版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicFeatures,GSEABase(> = 1.24.0)
进口	方法,corpcor,BiocParallel,ggplot2,plyr
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit,BiocGenerics,ReportingTools,BiocStyle
SystemRequirements
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包档案

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源包	cpvSNP_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	cpvSNP_1.30.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cpvSNP_1.30.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cpvSNP_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cpvSNP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cpvSNP
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cpvSNP/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cpvSNP/
包下载报告	下载数据