腐蚀

DOI：10.18129 / b9.bioc.corral.

单个小区数据的对应分析

Bioconductor版本：释放（3.13）

对应分析（CA）是一种矩阵分子化方法，类似于主成分分析（PCA）。虽然PCA被设计用于连续，大约通常分布式数据，CA适用于非负数，基于计数的数据。Corral封装实现了CA的单个小区数据的单个矩阵的维度减少，以及利用数据优化缩放的CA的多表调整，以通过投射到共享的潜在空间来对准从不同的测序平台生成的数据。Corral利用稀疏矩阵和SVD的快速实现，可以直接调用在生物导体对象（例如，SingleCellexPeriment）中，以便于管道集成。该软件包还包括将CA式处理应用于与CA的Hellinger距离调整的连续数据（例如，蛋白质组学TOF强度）应用CA式处理。

作者：Lauren Hsu [Aut，CRE]，Aedin Culhane [Aut]

维护者：Lauren Hsu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“corral”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	与Corralm对齐
HTML.	r script.	用畜脉减少
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细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.2.0
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL-2
依靠
进口	ggplot2.那ggthemes.，grdevices，格拉底那IRLBA.那矩阵， 方法，MultiAsaySayexperiment.那宝贝那SinglecellexPeriment.那概括分析那运输
链接到
建议	ADE4.那生物焦那蜂窝状那Duoclustering2018那kn那testthat.
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包档案包

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源包	corral_1.2.0.tar.gz.
Windows二进制文件	corral_1.2.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	corral_1.2.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/corral.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/畜栏
包短网址	https://biocumon.org/packages/corral/
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