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consensusDE
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DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusDE
使用多种算法的rna序列分析
Bioconductor版本:发行版(3.13)
这个包允许用户使用多种算法执行DE分析。它从多种方法中寻求共识。目前它支持“轰轰”，“EdgeR”和“DESeq”。它使用RUV-seq(可选)去除不需要的变异源。
作者:Ashley J. Waardenberg [aut, cre]， Martha M. Cooper [ctb]
维护人员:Ashley J. Waardenberg
引用(从R中，输入引用(“consensusDE”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("consensusDE")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“consensusDE”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | consensusDE |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.5)，BiocGenerics |
| 进口 | 气道，AnnotationDbi，BiocParallel，Biobase，Biostrings，data.table，dendextend，DESeq2(> = 1.20.0),EDASeq，ensembldb，刨边机，EnsDb.Hsapiens.v86，GenomicAlignments，GenomicFeatures，limma，org.Hs.eg.db，pcaMethods，RColorBrewer，Rsamtools，RUVSeq，S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | consensusDE_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | consensusDE_1.10.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | consensusDE_1.10.0.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/consensusDE |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/consensusDE |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/consensusDE/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
