Compcoder.

DOI:10.18129 / b9.bioc.compcoder.

差分表达方法的差异表达分析和性能比较。

Biocometiond版本:释放(3.12)

该包提供了广泛的功能,用于比较通过不同方法获得的结果进行差异表达分析的结果。它还包含用于模拟计数数据的功能。最后,它为多个包提供了方便的接口,用于执行差异表达分析。这些也可以用作模板,用于在包的框架内设置和运行用户定义的差分分析工作流程。

作者:夏洛特·斯蒙顿[AUT,CRE]

维护者:Charlotte Soneson

引文(从R内,输入引文(“Compcoder”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

if(!quancamespace(“biocmanager”,squilly = true))install.packages(“biocmanager”)biocmanager ::安装(“compcoder”)

对于旧版本,请参阅相应的生物导体释放

文件

要查看系统中安装此包版本的文档,请启动r并输入:

BROWSEVIGNETTES(“COMPCODER”)

HTML. r script. Compcoder.
PDF. 参考手册
文本 消息

细节

Biocviews. bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.26.1.
在生物导体中以来 BIOC 2.14(R-3.1)(7年)
执照 GPL(> = 2)
依靠 SM.
进口 TCLTK,kn(> = 1.2),啰嗦r格子(> = 0.16),贡献GTOOLS.gdata.厕所, 网格,kernsmooth.大量的ggplot2.stringr.最新版本edger.林马vioplot.,方法,实用程序,统计数据,grdevices,图形
链接到
建议 生物焦EBSEQ.deseq2.(> = 1.1.31),贝凯(> = 2.2.0),Genefilter.噪音TCC.nbpseq.(> = 0.3.0),RAMAMAMDOW.testthat.
系统要求
加强 rpanel.DSS.
URL. https://github.com/csoneson/compcoder.
Bugreports. https://github.com/csoneson/compcoder/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包 compcoder_1.26.1.tar.gz.
Windows二进制文件 compcoder_1.26.1.zip.
Macos 10.13(高塞拉) compcoder_1.26.1.tgz.
源存储库 git clone https://git.biocumon.org/packages/compcoder.
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.biocondion.org:包装/抄波器
包短网址 https://biocumon.org/packages/compcoder/
包裹下载报告 下载统计信息
BIOC 3.12的旧源包 源档案

文件»

生物体

R./cr包裹和文件

支持»

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