cogena

DOI:10.18129 / B9.bioc.cogena

共表达基因集富集分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Cogena是共表达基因集富集分析的工作流程。它旨在发现规模较小，但高度相关的细胞事件，这些事件可能具有重大的生物学相关性。提出了一种新的基于cogena工作流的药物发现和药物重定位管道。特别是可以根据疾病相关数据的基因表达预测候选药物，或者根据药物相关数据的基因表达确定其他类似药物。此外，通过相关通路分析可以揭示药物的作用方式。总之，cogena是一种灵活的工作流程，用于共表达基因的各种基因集富集分析，重点是通路/GO分析和药物重定位。

作者:贾志龙[aut, cre]， Michael Barnes [aut]

维护者:Zhilong Jia

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cogena”)

PDF	R脚本	cogena的工作流程
超文本标记语言	R脚本	Cogena，一个用于共表达基因的基因集富集分析的工作流程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.6)，集群，ggplot2，kohonen
进口	方法,类，gplots，mclust，北极监测和评估方案，apcluster，foreach平行,doParallel，fastcluster，corrplot，biwt，Biobase，reshape2，stringr，宠物猫，tidyr，dplyr，devtools
链接
建议	knitr，rmarkdown(> = 2.1)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zhilongjia/cogena
BugReports	https://github.com/zhilongjia/cogena/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cogena_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	cogena_1.32.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cogena_1.32.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cogena_1.32.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogena
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cogena
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cogena/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cogena/
软件包下载报告	下载数据