coexnet

DOI:10.18129 / B9.bioc.coexnet

coexnet:一个从微阵列数据构建CO-EXpression网络的R包

生物导体版本:发布(3.12)

从GEO数据集中提取基因表达矩阵。CEL文件)作为AffyBatch对象。另外，可以使用两种不同的方法(vsn和rma)进行归一化过程。摘要(从多个探针传递到一个基因)使用两种不同的标准(样本表达数据的最大值和中位数)和两种方法(sam和acde)进行基因差异表达分析。共表达网络的构建可以采用皮尔逊相关系数(PCC)和互信息(MI)两种不同的方法，并使用图论方法选择阈值。

作者:Juan David Henao, Liliana Lopez-Kleine, Andres Pinzon-Velasco

维护者:Juan David Henao

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("coexnet")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.6)
进口	affy,siggenes,GEOquery,vsn,igraph,acde,Biobase,limma，图像，统计，效用，STRINGdb,SummarizedExperiment,minet,rmarkdown
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	coexnet_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	coexnet_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	coexnet_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coexnet
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ coexnet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/coexnet/
包下载报告	下载数据