clustifyr

DOI:10.18129 / B9.bioc.clustifyr

分类器使用细胞单细胞RNA-seq集群

Bioconductor版本:版本(3.16)

计划旨在帮助分类细胞RNA从单细胞测序数据使用外部参考数据(例如,散货RNA-seq scRNA-seq,微阵列,基因列表)。各种相关的基础方法和基因富集方法列表提供协助细胞类型的任务。

作者:瑞富(aut),肯特Riemondy (cre, aut], Gillen[所有],奥斯汀Chengzhe田(施),杰Hesselberth[所有],悦豪(施),米歇尔亚都[所有],Sidhant Puntambekar[所有],RNA生物科学倡议[曾经,cph]

维护人员:肯特Riemondy <肯特。在cuanschutz.edu riemondy >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“clustifyr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“clustifyr”)

HTML	R脚本	geo-annotations
HTML	R脚本	介绍clustifyr
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	cowplot,dplyr,熵,fgsea,ggplot2,矩阵,readr,rlang,尺度,stringr,宠物猫,tidyr、统计数据、方法SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,matrixStats,S4Vectors,代理,httr,跑龙套
链接
建议	ComplexHeatmap,covr,knitr,rmarkdown,testthat,ggrepel,BiocStyle,BiocManager,遥控器,闪亮的,修拉,gprofiler2,purrr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rnabioco/clustifyrhttps://rnabioco.github.io/clustifyr/
BugReports	https://github.com/rnabioco/clustifyr/issues
取决于我
进口我
建议我	clustifyrdatahub
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	clustifyr_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	clustifyr_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	clustifyr_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	clustifyr_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clustifyr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clustifyr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clustifyr/
包下载报告	下载数据