Chromswitch
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doi：10.18129/b9.bioc.chromswitch
从表观基因组数据中检测染色质状态切换的R软件包
生物导体版本：版本（3.13）
Chromswitch实现了一种灵活的方法，可以在特定的基因组区域中在两个生物条件下在两个生物学条件下在峰值数据或ChIP-Seq数据中调用染色质状态调用的样品之间的染色质状态切换。
作者：Selin Jessa [AUT，CRE]，Claudia L. Kleinman [AUT]
维护者：selin jessa
引用（从r内，输入引用（“ Chromswitch”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ chromswitch”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Chromswitch”）
| html | R脚本 | 用于检测染色质状态开关的“ Chromswitch”的简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.6（R-3.4）（3.5岁） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | r（> = 3.5.0），基因组机（> = 1.26.4） |
| 进口 | 簇（> = 2.0.6），生物酶（> = 2.36.2），生物比较（> = 1.8.2），dplyr（> = 0.5.0），GPLOTS（> = 3.0.1），图形，grdevices，iranges（> = 2.4.8），懒惰（> = 0.2.0），矩阵（> = 0.52），马格里特（> = 1.5），方法，NMF（> = 0.20.6），rtracklayer（> = 1.36.4），S4VECTORS（> = 0.23.19），统计花花公子（> = 0.6.3） |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，desctools（> = 0.99.19），DevTools（> = 1.13.3），GenomeInfodB（> = 1.16.0），尼特，，，，rmarkDown，，，，mclust（> = 5.3），测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/sjessa/chromswitch |
| BugReports | https://github.com/sjessa/chromswitch/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | chromswitch_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | chromswitch_1.14.0.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | chromswitch_1.14.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromswitch |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/chromswitch |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/chromswitch/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
